新会社法になって会社の機関構成についてもいろいろな変更があり、会社の実態にあった形態の組織を作ることができるようになりました。
今まで株式会社では取締役は３人以上必要で、監査役や取締役会も必ず設置しなければいけませんでした。 それが株式譲渡制限会社ならば取締役は１人以上でよく、監査役・取締役会も任意の設置でよくなりました。
株式譲渡制限会社とは株式を譲渡する場合、会社の承認を得なければいけないと定款ですべての株式について制限を定めている会社のことで、公開会社でない会社です（譲渡制限がない株式が一部でもあれば公開会社です）株式譲渡制限会社であれば、役員任期も最長１０年に延ばせますし、上記の通り取締役は１人だけにできます。
株式譲渡制限会社で取締役会をなしにする場合、株主総会の権限は今までより広がり、会社に関する事項全部について株主総会で決めることになります。また、株主を集める招集通知も書面でなく口頭で伝えてもよくなり、手続きも簡略化されました。
取締役の人数を減らしてもいいということで、今まで名目だけ取締役を作っていた会社にはありがたいことでしょう。取締役を減らして節税をと考える人もでてくるでしょうが、登記上は役員でなくても株をある程度持ち、会社経営に関わっている場合は役員とみなされます。そうなった場合、税金は役員に対する率で課税されます。本当に名目上だけの役員であったならば節税対策になりますが、そうでなければ役員の数を減らそうが節税にはなりません。
公開会社であった場合は、取締役は従来どおり３人以上必要で取締役会の設置必要です。監査役も原則的には設置しなければいけませんが、新たにできた会計参与を設置すれば監査役は必要なくなります。また監査役は今まで会計監査が主な仕事でしたが、非公開会社が公開会社に変更なった場合は、公開会社では新たに業務監査もしなければいけなくなりました。そのため任期がまだ残っていても強制的に任期終了になってしまい、監査役の変更登記をしなければいけません。
その他の会社機関の変更点としては、取締役会を実際に開かなくても、書面での決議でもよくなりました。書類やメールで決議事項について同意を示し監査役も同意すれば、いちいち集まって会議をしなくてもすみます。また自己破産者でも取締役になれることになりました。今までは破産したら免責復権するまで３ヶ月から６ヶ月程の間、取締役にはなれませんでした。ですが、復権していなくてもなれるようになりました。
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